Nagasakiko martirioaren ondorengo historialari guztien arabera, Martin Agirre Arrijola 1567ko irailaren 11an jaio zen Bergarako Kokote Auzoko Zabaleta-Txiki baserrian, "Irutxaboletatik" hurbil. Horixe da bergararren artean bertsiorik ezagunena eta onartuena, baina batzuek Bergarako beste oinetxe batean jaio zela uste dute. Bergarako apaizek ezaugarri paregabeak ikusi zituzten Martin Agirrerengan. Mutil argia izanik, oso erraz ikasi zuen irakurtzen eta idazten. 17 urte zituela, Alcala de Henaresera joan zen apaiz-ikasketak egitera. Unibertsitatetik hurbil Aingeru Santuaren komentu frantziskotarra zegoen, eta sarritan joaten zen bertara. 1585an abitua jantzi eta Auñongo (Guadalajarako) komentuan sartu zen. Ordutik aurrera Martin Agirre Igokundekoa izan zen bere izena. Geroago Alcalako Unibertsitatera itzuli zen filosofiako ikasketak bukatzera, eta lau urte ere eman zituen Madrileko San Bernardino komentuan teologia ikasten.
Misiolari egiteko erabakia
Martin ez zen oso handia, baina gizon ederra zen, jario handikoa eta lasaia. Letra txarra zuen. Toledon egin zen apaiz, 1590eko uztailean. Hantxe erabaki zuen misiolari izatea, baina komentuko nagusiek irakasle bikaina izango litzatekeela uste zutenez, horretan hastea nahi zuten. Martinek, ordea, tinko eutsi zion bere erabakiari eta, oztopoak oztopo, oinez joan zen Sevillara urrutiko lurraldeetara eramango zuen ontziren baten bila. Ez zuen lortu eta Alcala de Henaresera itzuli zen, porrotaren ondorioz etsita eta gaixotuta. Bertan, frai Francisco Blanco ezagutu zuen eta Cadizera joan ziren elkarrekin. Munduan zehar ere bidaiatu zuen:
- 1593ko abuztuan, Mexikora abiatu ziren ontziz. Mexikon filosofia eta teologia irakasten hasi zen.
- Baina bere ametsa Japoniara, sinesgabeen lurraldera, joatea zen. 1594an zortea alde izan zuen eta Manilara abiatu zen, betiko moduan frai Francisco Blancorekin. Azkenik, 1596ko ekainean abiatu ziren Japoniara, bere ametsetako lurraldera, ontzi portugaldar batean.
Nagasakira heldu ziren lehenbizi. Martinek artean ez zekien Nagasaki izango zela bere bizitzaren eta heriotzaren giltzarria, bere Martirioaren lekua. Japonieraz ederki hitz egitea lortu zuen. Legenardunak zaintzeaz gain, eskola bat ireki eta japonieraren gramatika bat ere idatzi zuen.
Gero Osakara joan zen, eta ermita txiki bat eta 3 katekista japoniar baino ez zituen egoitza bakun baten ardura eman zioten. Bontzoak, asaldatuta zeuden frantziskotarren eta jesuiten lorpenengatik eta Taikosama enperadoreak jazartzeko agindua ematea onartu zuen. 1596ko abenduaren 8an, guardiek frantziskotarren komentuak inguratu eta atxilotu egin zituzten. Macao eta Osakara eraman zituzten gurdiz. Isekak eta irainak egin zizkieten. Eta torturak ere bai: ezkerreko belarriko gingila moztu zieten. 1597ko urtarrilaren 2an gertatu zen hori. Gero, Nagasakirako bidea hartu zuten. Bidea luzea eta gogorra izan zen oso. Irainak, tratu txarrak, neke amaigabea. 27 lagun ziren guztira, espainiarrak eta japoniarrak. Frantziskotarrak eta jesuitak zeuden, eta sekular batzuk ere bai. Horien artean frai Francisco Blanco, momenturik gogorrenean Martinekin elkartu baitzen berriro. Otsailaren 5ean heldu ziren Nagasakira, egunsentian.
Nagasakin martirio-gurutzeak zeuzkaten zain. Elkar aitortu ondoren, bakoitzak bere gurutzea aukeratu, musua eman eta gainean etzan ziren. Uztaiez lotu zituzten: lepoan bat jarri zieten eta beso eta hanketan bina.
Azken Tedeum Laudamusa kantatu zuten. Martinek ahots sakonez hitz egin zien martirioko lagunei: martirioa Jainkoaren dohaina zela esan zien, eta martirioan hildakoen odola kristau-hazia.
Martin Nagasakiko muinoan hil zen, 1597ko otsailaren 5ean, 30 urte baino ez zituela. Euskaraz mintzatzen jaio zen Zabaleta-Txikin eta santuen moduan hil zen, predikatzen, Nagasakin.