Bergaran jaio zen 1860. urtean eta hiru urte besterik ez zituenean, gurasoak Bilbora joan ziren bizitzera, Unamunotarren amak, hots, Telesfororen amonak, bertan zeukan gozotegian lan egitera. Gozotegiak "La Vergaresa" zuen izena eta Gurutzeko kalean 7. zenbakian zegoen. Familia lehen solairuan bizi zen Unamuno-Jugotarrekin batera. Farmazia-ikasketak egin zituen, ez zientziarako zaletasuna zuelako bakarrik, baizik eta, oso herrena zenez, bere ezintasun fisikorako lanbide sedentario egokia iruditzen zitzaiolako. Ikasketak amaitutakoan aparteko saria jaso zuen Estudio sobre los insectos vesicantes en sus aplicaciones a la farmacia lanarengatik.
Handik urte batzuetara, Natur Zientzietako doktoretza egin ondoren, Madrilgo San Ignacio kaleko apopilo-etxe xume batean bizi izan zen, bere lehengusu Migel Unamunorekin batera, biak institutuko katedrarako oposizioak prestatzen ari ziren bitartean. Zientzien Errege Akademiak saria eman zion Setas y hongos del País Vasco ikerlanarengatik, gai horri buruz ordura arte egindako azterketarik sakon eta zabalena baitzen. Azterlan horretako testuak ez ezik, azalpenen ondoan dauden irudi bikainak ere Arantzadik eginak dira, eta horri esker, Madrilgo Natur Zientzien Museoko marrazkilari ofizial izendatu zuten.
Langile nekaezina
Alcala kaleko ganbara batean antropologi saila sortu zuen. Nazioarteko entzutea lortu zuen, eta Luis Hoyos eta Manuel Anton laguntzaileekin batera garezurrak sailkatzeari ekin zion, zaletasun hutsagatik, sosik ere irabazi gabe. Lan horren emaitza euskal arrazari buruzko El pueblo euskaldun azterlan zientifikoan jaso zuen, eta Parisko Antropologia Elkarteak saria eman zion azterlan horregatik 31 urte zituela. 1895. urtean Granadako Unibertsitateko Farmazia Fakultateko Mineralogia eta Zoologia katedra eskuratu zuen, eta urte batzuk bizi izan zen hiri horretan. Geroago, Bartzelonako Botanika deskriptiboaren katedra ere eskuratu zuen, eta Unibertsitate horretako Dekano izan zen 1907ra arte. Urte horretan kargua utzi egin zuen ikasleek eragindako istiluen ondorioz. 1910ean, kide titular izendatu zuen Historia Natural, Antropologia eta Etnografiaren Lagunen Moskuko Elkarte Inperialak; bi urte geroago, Argentinako Daktiloskopia Elkarteko ohorezko kide bihurtu zen. 1919an Portugaleko Antropologia eta Etnografia Elkarteko kide urgazle izendatu zuten, eta 1920an, Bartzelonako Unibertsitateko Zientzia Fakultateko Antropologiako katedradun. Kargu hau 1931ean jubilatu arte mantendu zuen. 1921ean Erromako Antropologia Elkarteko kide urgazle ere izendatu zuten. 1922an Frantzia eta Alemaniara (Colonia) bidaiatu zuen Barandiaranekin batera, eta 1929an Austria eta Suitzara lagun berarekin.
Aipatutako urte bitarte horretan mundu osoko elkarte zientifikoen izendapen gehiago jaso zituen: 1923an Argentinako Ikerketa Geografikoen Elkarteko eta Kubako Historia Naturaleko “Felipe Poey” Elkarteko kide urgazlea, 1924an Historiako Errege Akademiako akademiko urgazlea, 1926an Berlineko Institutu Arkeologikoko kidea, 1927an Bartzelonako Zientzietako Errege Akademiako kide numerarioa, eta abar. Bestalde, Eusko Ikaskuntzako Batzorde Iraunkorreko batzordekide izan zen, Espasa Entziklopedian kolaboratu zuen Zientzia Naturalen eta Antropologiaren atalean, Munich-eko Antropologia Elkarteko kide urgazlea izan zen, eta Europako hizkuntza nagusiak ezagutzen zituenez, Humboldt, Frizzi eta Haberlandt-en itzultzaile ere izan zen, besteak beste.
Historiaurrea eta etnografia oso gogokoak zituen eta Euskal Herrian herriz herri eta mendiz mendi ibili zen, haitzulo, leize, harpe eta trikuharri ia guzti-guztiak ikertzen. Batzuetan bakarrik joaten zen, baina gehienetan Eguren eta aita Barandiaran izaten zituen lagun. Gure Idurixoko haitzuloa 1927an arakatu zuten.
Arantzadiren idazlan guztietan ederki ikusten da zientziari eta Euskal Herriari zien maitasun handia. Bere ahalegin handiak eta gogo biziak bidezko ordaina jaso zuten 1936an: Itziarko Urtiaga haitzuloan euskal garezurrik zaharrena aurkitu zuen, bost urtez buru-belarri ikerketa neketsuak egiten jardun ondoren. Garezurra Goi Paleolitoko Madeleine aldikoa zen, eta aurkikuntza horren ondorioz milaka urte lehenago finkatu zen euskal arrazaren jatorria. Berrikuntza horiek guztiak hainbat argitalpenetan eman zituen ezagutzera, eta handik urte batzuetara zientziaren onespena lortu zuten.
Testu asko eta asko idatzi zituen Arantzadik. Jon Bilbao bibliografo ezagunak, adibidez, 220 lan katalogatu ditu:
- Liburuak, saiakerak eta “Euskalerria”, RIEV (Revista Internacional de Estudios Vascos), “Euskalerriaren Alde”, “Yakintza” eta beste hainbat aldizkaritako kolaborazioak bildu ondoren. Lanon artean Síntesis métrica de los cráneos vascos nabarmentzen da.
- Arantzadi atzerriko zientzia-aldizkarietako kolaboratzaile izan zen, eta hainbat hizkuntza zekizkienez, txostenak eta komunikazioak bidali zituen, besteak beste, Geneva, Paris, Londres, Oporto eta Amsterdameko Nazioarteko Antropologia eta Etnografia Biltzarretara. Era berean, Wilhelm von Humboldtek Euskal Herriari buruz idatzitako lanak itzuli zituen. 1920tik aurrera Bartzelonako Unibertsitateko Antropologia katedran jardun zuen, eta hiri hartan hil zen, 1945eko otsailaren 12an.
Arantzadi urte gutxitan bizi izan zen Bergaran, baina bere herria ez zuen sekula ahaztu, argitaratu zituen lanetan ikusten denez: Un testamento casero bergarés del siglo XV, Euskalerria aldizkarian (1906); Elecciones de regidores en Bergara en 1619, Euskalerriaren Alde aldizkarian (1929), Los bergareses y los convencionales (1925); Un colonizador bergarés: Irala, etab.